Guajillos sind getrocknete "Mirasol" Chilis und gehören genau wie ''Pasilla'', ''Ancho'' und ''Mulato'' zu den meist verwendeten Chilis Mexikos. In der traditionellen mexikanischen Küche werden die leicht säuerlichen Schoten gerne für die Zubereitung von Salsa verwendet. Dazu werden die getrockneten dunklen Früchte in heißem Wasser aufgeweicht und zusammen mit Salz, Gewürzen und Kräutern zu einer dünnen Paste verarbeitet. Wie auch ''Pasilla'', ''Ancho'' und ''Mulato'' Chilis, gehören sie zu den klassischen Zutaten für die mexikanische Nationalsauce Mole.
Vor ihrer Verarbeitung z.B. in einer Paste, sollten ganze Guajillo Chilis 10 bis 15 Minuten in heißem Wasser ziehen oder eine entsprechende Zeit im Topf oder der Pfanne mitgekocht werden. Dazu schneidet man sie am besten in kleine Stücke. Gemahlenes Pulver und Flocken der getrockneten Schoten entfalten bereits nach kurzer Zeit ihr besonderes Aroma im Kochtopf.
